1996年的第九屆總統直接選舉，台灣當局的「憲政改革」是經過李登輝精心策劃，李登輝已經在國民黨內排除元老的勢力，將一些以外省人為主的所謂「非主流派」排擠出黨外，形成以李登輝為核心的國民黨「主流派」控制大權的局面。李登輝掌握了足夠的政黨資源，令他在直接選舉之中，可以有當選的把握。國民黨的主要對手是以台灣本省人為主、曾經提出「台獨」訴求的民進黨，民進黨的選舉聲勢雖然不斷上升，但是當時仍然未能構成對李登輝的威脅。

1996年3月23日，台灣當局的總統、副總統直選，侯選人分別是國民黨的李登輝、連戰，民進黨的彭明敏、謝長廷，以無黨籍身份參選的國民黨元老林洋港、郝柏村，以無黨籍身份參選，原國民黨非主流派的陳履安、王清峰。結果李登輝、連戰組合以五百八十多萬票，即是百分之五十四的得票率當選總統、副總統。林洋港的得票率不及百分之十五，彭明敏得票率稍高於百分之二十一。李登輝可以說是大獲全勝。有評論者認為，李登輝在直接選舉之中獲勝，意味住他可以自稱得民意授權，推動他的「獨台」政策。事實上，中國政府對台灣當局的總統直選十分關注。除了在1995、1996年多次進行導彈試射以及軍事演習之外，國務院台灣事務辦公室公開說明：「台灣領導人產生方式的改變及其結果，都改變不了台灣是中國領土一部分的事實。」