1942年，蘇聯和納粹德國交戰，無暇兼顧東方，盛世才覺得親蘇欠缺保障，改為向蔣介石的重慶國民政府靠攏。同一時期，盛世才的四弟盛世驥被人暗殺，盛世才乘機驅逐蘇聯顧問、逮捕中共黨員，陳潭秋、毛澤民被秘密處死，蔣介石派軍隊進駐新疆。1944年，盛世才感到國民黨當局在新疆的擴展，已經威脅他的統治，於是致電蘇聯領袖史太林，表示願意重修舊好，並且逮捕國民黨人。國民黨先發制人，以武力迫盛世才調任農林部長，押送到重慶就職。盛世才的高壓統治解除，各地的維吾爾人紛紛爆發暴亂，國民黨當局對於新疆的局勢束手無策。伊犁地區的維吾爾人，在蘇聯的支持之下，成立伊犁、塔城、阿勒泰三區革命政府，打出「東突厥斯坦」旗號。1949年，國共內戰後期，中國人民解放軍第一野戰軍，在彭德懷的指揮之下，向西北各省進軍。8月底解放蘭州，新疆的國民黨軍政長官陶峙岳、包爾漢等人宣布投降中共，9月25日，第一野戰軍第一兵團在王震率領之下，進入烏魯木齊。新疆省人民政府隨即成立。1955年，新疆省成為「新疆維吾爾自治區」。
1949年8月，中國共產黨籌組新政權的時候，毛澤東邀請新疆三區革命的首領「阿合買提江」等人率領代表團到北平出席第一屆全國政協會議，代表團乘搭飛機經蘇聯轉往北平，途經貝加爾湖附近山區，飛機失事墮毀，機上所有人員遇難，中國政府追加「阿合買提江」等人為革命烈士。王震領兵進駐新疆之後，開始進行穩定政局的計劃，其中最重要的措施是1954年成立「新疆生產建設兵團」。 |
