1998年年底的台北市市長選舉，陳水扁在台北市長任內，推行「新政」，取消國民黨歷任市長的官僚作風，以「平民市長」的姿態，經常與市民直接溝通、對話，民望非常高。而國民黨方面，有能力挑戰陳水扁的人，原本在黨內聲望極高的台灣省長宋楚瑜，但是由於李登輝總統在1997年年中，突然提出「凍結台灣省功能業務」的法案，並宣佈於1998年年底裁撤台灣省。這個重大的舉措，令民望極高的宋楚瑜感到被李登輝排擠、打壓、剝奪政治權力，並失去被國民黨提名參選台北市市長的可能性，因此宋楚瑜表明不參加競選。於是，國民黨內除了年輕有為、學歷高、形象好的馬英九之外，別無適當人選。

在98年的台北市長選舉過程之中，陳水扁陣營強調省籍情結，政擊身為外省人的馬英九及他的支持者為「新賣台集團」，每次競選集會，都激起省籍矛盾。投票前夕，李登輝總統親自到馬英九選舉集會現場站台，並且提出「吃台灣米，喝台灣水的，都是新台灣人」的論點，引起民眾的歡呼。馬英九在國民黨全力支持之下，以百分之六的選票優勢，當選台北市市長。而李登輝的「新台灣人」觀點，試圖將外省人的第二、三代本土化，但是民進黨的省籍情結，並不因此改變。