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崇禎二年（1629年），後金天聰汗皇太極率領數萬兵馬繞過山海關，經內蒙古進入長城，侵擾北京外圍，北京震動，宣布戒嚴。崇禎皇帝大為震怒，把後金縱兵入關的責任歸咎遼東督師袁崇煥，而且袁崇煥被告發曾經與後金天聰汗私下通信，被崇禎帝凌遲處死。由於袁崇煥與東林黨人關係密切，閹黨舊人，乘機翻案，朝中爭論不休。崇禎帝對大臣失去信任，稍有過失便免職、治罪，大臣不能久任，施政搖擺不定。崇禎在位十七年，曾有四十八位殿閣大學士（俗稱宰相），多數不能久任。其中較著名的，有周延儒、溫體仁、文震孟、徐光啟、孫承宗、楊嗣昌等。

同一時間，由於地方官互相推卸，官軍討寇不力，令陝西流寇不斷擴大。據當時地方政府向朝廷報告，陝西、山西的流寇首領名單為：「紫金梁（王自用）其首也，餘八大王（張獻忠）、掃地王、邢紅狼、黑煞神、曹操（羅汝才）、闖將（李自成）、撞塌天（劉國能）、滿天星、老回回（馬守應）、闖王（高迎祥）、點燈子（趙四兒）、不沾泥（張存孟）、一陣風、九條龍、劉九思、映山紅、催山虎、沖天柱、油裏滑、屹烈眼」等幾十股，到處流竄攻掠，時分時合，官兵無力征剿。

明朝三邊總督老將楊鶴招撫流寇失敗，被逮下獄死，崇禎四年十月，崇禎帝改派以心狠手辣著稱的延綏巡撫洪承疇接任三邊總督，全力征剿陝西境內流寇。大部分流寇往東渡過黃河進入山西省，李自成是其中之一，他在山西與舅父「闖王」高迎祥會合，自稱「闖將」，隊伍不斷擴大。崇禎六年官軍圍攻山西流寇，高迎祥、李自成、張獻忠等率衆逃到河南省，又被圍困。

然而次年初（崇禎七年1634）後金軍再從內蒙古進入長城，侵擾北京、直隸、山東等地，大肆劫掠。明朝急調洪承疇等將帥率師救援。洪承疇離開之後，高迎祥、李自成、張獻忠等乘機率衆突圍。是年六月，新任五省總督陳奇瑜召集陝西、鄖陽、湖廣、河南四路巡撫發兵圍剿，流寇見明軍雲集，逃入陝南車箱峽之中，被明官軍封鎖出口，人疲馬乏，糧食不繼，情勢危殆，李自成用謀士顧君恩之計，向官軍詐降。但李自成一出峽谷脫險，立刻殺死護送官兵，再次叛變。史稱「車箱峽之變」。

崇禎八年（1635年）各路流寇聚集在洛陽一帶，共十三家七十二營（高迎祥、張獻忠、老回回、羅汝才、革裹眼、左金王、改世王、射塌天、橫天王、混十萬、過天星、九條龍、順天王等）在河南滎陽（今鄭州市郊滎陽縣），李自成提出「分兵定向、四路攻戰」方略。會後高迎祥、李自成、張獻忠率部攻下鳳陽，斬中都守將朱國相，掘開明皇室的祖墳，焚毀太祖曾經出家的皇覺寺。鳳陽失守，崇禎皇帝為之震怒。

但李自成與張獻忠因爭奪鳳陽皇宮的戰利品而結怨，分道揚鑣；李自成領部屬西走鄖陽、陝西；張獻忠率衆南下湖廣，出沒蘄、黃、潛、桐之間（今湖北蘄州、黃岡、潛山、桐城等縣市）。