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1882年，大院君抓緊壬午軍亂爆發的良機，乘時東山再起，掌握朝鮮王朝大權。可惜這次掌權的時間甚短，清廷為了迅速平定朝鮮亂事並在當時東北亞嚴峻的局勢中再次佔據主導地位，派遣軍隊拘捕屬於「親華派」的大院君，此舉相信為大院君始料未及。

大院君被清軍押回中國天津並軟禁於保定府後，日、朝兩國未幾締結《濟物浦條約》。按照條約規定，朝鮮派遣年青開化派官員金玉均及朴泳孝為「謝罪使」，前往日本官式道歉。兩人在途上以太極圖案為基礎設計理念，繪畫了朝鮮國旗。此國旗後來慢慢演變成今天大韓民國的國旗，開化派官員所展現的韓國獨立意識，於此舉中可見一斑。

此後，日本致力扶植朝鮮開化勢力，作成其實踐「侵韓」野心的重要憑藉。另一方面，已經調整對韓外交方針的中國清廷，也希望加強對於朝鮮半島的控制。中、日兩國勢力於半島上的競逐，促使壬午軍亂後的韓國局勢更形紛亂。1884年，朝鮮爆發「甲申政變」，開化派官員藉慶祝新式郵政局落成啟用之機，意圖殺盡「親華派」保守官員。清軍在袁世凱的領導下，極速平定亂事。日本與韓國於次年締結《漢城條約》，處理亂事遺留的種種問題；清、日兩國亦於同年簽訂《天津條約》，協定兩國同時自朝鮮撤兵，並決議如果朝鮮再次爆發亂事，雙方將就處理方案互相知會通告。

另一方面，經歷在天津保定府的三年軟禁生活，大院君於1885年獲准釋放返國，居於雲峴宮。1894年，朝鮮爆發「東學黨之亂」，亂事規模極大，危及王權，清廷派軍隊赴韓援助，並按照《天津條約》之約定，知會日本。日本乘時派大軍進入朝鮮，並包圍雲峴宮，扶植大院君成立受日人控制的傀儡政權，推動「甲午更張」改革運動。然而，日本也深知大院君實為當時韓國國內最忠實的「親華派」代表人物，對其嚴加監控，以防生變。在日本的巨大壓力下，大院君已然無力回天，其政治生涯，已近尾聲。
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